公司三体系认证办理流程如下：

1、企业资料准备阶段。本年年检过的企业的执照、资质证书、组织机构代码证、各种施工设备的检验检测报告等是否齐备。有没有根据企业的情况建立体系，形成受控文件并且运行改进。体系的建立可以自行完成，可以找咨询机构协助，咨询机构会收取相应费用，体系的文件建立一般包括三大体系的手册，二阶控制程序文件，三阶各种操作指南、规定规章等，一些记录文件等，其中环境、职业健康涉及危险源识别于很多法律法规，建议不了解还是找咨询机构比较合适；

2、申请认证阶段。当企业将所有的资料及现场都准备妥当，向认证机构提出认证申请，填写了申请表后认证机构会根据企业实际情况拟定合同，签订后合同后将进行审核阶段；

3、认证阶段。审核机构将派遣本机构审核员对企业进行审核，一般分为两个阶段，一阶段为文件审核阶段，会对企业提出一些改进意见，当企业将修改意见改正完毕后，才能安排进行第二阶段的现场审核，现场审核其实就是看企业是否按照自己建立的体系执行，会对不合格的地方提出改进意见；

4、不合格项改进与颁发证书。改进完成不审核员提出的不合格项目后，给审核员验证符合后，在结清费用的情况下，认证机构将会颁发认证证书。

法律依据：《中华人民共和国认证认可条例》第十六条

国家根据经济和社会发展的需要，推行产品、服务、管理体系认证。

第十七条

认证机构应当按照认证基本规范、认证规则从事认证活动。认证基本规范、认证规则由国务院认证认可监督管理部门制定；涉及国务院有关部门职责的，国务院认证认可监督管理部门应当会同国务院有关部门制定。

属于认证新领域，前款规定的部门尚未制定认证规则的，认证机构可以自行制定认证规则，并报国务院认证认可监督管理部门备案。